Управление учреждением осуществляется в соответствии с законодательством Российской Федерации и правовыми актами Санкт-Петербурга, Уставом и указаниями учредителя.
Учреждение возглавляет директор, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Администрацией Центрального района в соответствии с правовыми актами Санкт-Петербурга.
Директор осуществляет оперативное руководство деятельностью Учреждения и наделяется полномочиями в соответствии с законодательством, Уставом и трудовым договором и действует на основе единоначалия.
В Учреждении имеется структурное подразделение спортивная базу "Гимнаст" (СБ "Гимнаст"), которое расположено по адресу : Ленинградская область, Всеволожский район, 36 км Приозерского шоссе. Структурное подразделение возглавляет начальник спортивной базы, назначаемый на должность и освобождаемый от должности директором учреждения по согласованию с администрацией Центрального района .
В учреждении сформированы коллегиальные органы управления, к которым относятся общее собрание работников, педагогический совет.
Положение об общем собрании работников ГБУ ДО СШ Центрального района СПб
Структура, порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления учреждением , порядок принятия ими решений и выступления от имени учреждения устанавливаются уставом учреждения и локальными-нормативными актами в соответствии с законодательством Российской Федерации.